Niemal każdy wniosek o wydanie interpretacji indywidualnej dot. IP Box spotyka się z wezwaniem do uszczegółowienia stanu faktycznego. Urzędnicy działający z ramienia Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej (KIS) nierzadko wymagają od Wnioskodawcy odpowiedzi na pytania dotyczące kluczowych kwestii, niejako zmuszając podatnika do postawienia samodzielnie tezy, że uzyskuje on dochody z kwalifikowanych praw własności intelektualnej. Jest oczywiste, że tak uzyskana interpretacja indywidualna nie spełni w przyszłości swojej funkcji ochronnej. W razie kontroli podatkowej urzędnicy mogą bowiem swobodnie zakwestionować przedstawiony we wniosku stan faktyczny. Organ podatkowy żąda również od Wnioskodawców informacji, czy prowadzą odpowiednią ewidencję na potrzeby IP Box i czy ewidencja zawiera wszystkie wymagane przepisami prawa elementy. Niewłaściwa odpowiedź przekreśli szanse na pozytywne rozpatrzenie wniosku.

Wbrew obiegowym opiniom, procedura uzyskania interpretacji indywidualnej nie sprowadza się do ogólnego opisu wykonywanej działalności, postawienia pytania w wątpliwej kwestii i oczekiwania pozytywnej odpowiedzi ze strony KIS. Jest to sformalizowane postępowanie podatkowe przed organem administracji skarbowej, w którym trzeba przemyśleć każdy ruch. Warto mieć profesjonalnego pełnomocnika.