Wielu samozatrudnionych programistów, którzy uzyskali korzystną dla siebie interpretację indywidualną w zakresie możliwości zastosowania ulgi IP Box stanęło przed problemem znalezienia kosztów bezpośrednio związanych z działalnością, w toku której tworzone jest oprogramowanie. Przypomnijmy, że opodatkowaniu preferencyjną 5-proc. stawką opodatkowania nie podlega dochód ze sprzedaży autorskich praw majątkowych do kodu, ale kwalifikowany dochód. Tę wielkość oblicza się natomiast mnożąc dochód przez wskaźnik nexus.
Z punktu widzenia samozatrudnionego specjalisty IT litery b, c oraz d we wzorze nexus nie mają znaczenia, ponieważ odpowiadają kosztom związanym z nabyciem wyników prac badawczo-rozwojowych lub praw własności intelektualnej od innych podmiotów. W praktyce nie ma to miejsca, bo najczęściej taki programista pracuje samodzielnie. Z kolei litera a odpowiada, jak stanowi przepis: kosztom faktycznie poniesionym przez podatnika na prowadzoną bezpośrednio przez niego działalność badawczo-rozwojową związaną z wytworzeniem kwalifikowanego prawa własności intelektualnej. Innymi słowy, pod literą a kryją się takie wydatki, których poniesienie było bezpośrednio związane z wytworzeniem danego programu komputerowego.
Tymczasem wielu programistów bieżące koszty prowadzonej działalności ogranicza do zakupu paliwa i zapłaty raty leasingowej, albo kosztów w ogóle nie ma. Przy obliczaniu wskaźnika nexus nie można uwzględniać pracy własnej. Brak jakichkolwiek kosztów bezpośrednich oznacza, że do wzoru podstawiamy zerowe wartości, a tym samym wskaźnik nexus również wyniesie zero. W konsekwencji kwalifikowany dochód, wobec którego można zastosować 5-proc. stawkę opodatkowania, nie wystąpi. Gdzie zatem szukać kosztów? Otóż okazuje się, że przy obliczaniu kosztów przypisanych do litery a, można uwzględnić wydatki poniesione na regulowanie składek na ubezpieczenie społeczne. Takie stanowisko przedstawiło Ministerstwo Finansów w odpowiedzi na zapytanie Dziennika Gazety Prawnej (wydanie nr 85 z 4 maja 2020 r.). To bardzo dobra informacja dla programistów pracujących na kontraktach b2b, ponieważ każdy z nich opłaca składki ZUS i wydatek ten można proporcjonalnie zaliczyć do kosztów bezpośrednio związanych z tworzeniem poszczególnych partii kodu, co do których prawa autorskie są następnie zbywane.
